La fertilisation ne doit pas être négligée dans ce type de système car les cultures ont besoin de débuter rapidement pour contrer le couvert.
Pour assurer une bonne vigueur de la culture au démarrage, l’usage d’engrais starter localisé sur la ligne de semis est nécessaire. Durant les premières années de transition, le manque de fertilisation peut s’avérer préjudiciable même si le taux de matière organique augmente et que de l’azote est présent dans le sol. Au début de la transition, la minéralisation est plus lente possiblement par manque d’azote dans la culture. Dans ces systèmes, la fertilisation doit se penser sur l’ensemble de la rotation. Par exemple les couverts riches en légumineuses détruits tôt libèrent une grande quantité d’azote pour la culture suivante.
Après quelques années de SDCV, le taux de matière organique élevé en surface et le turn-over rapide permettent d’assurer la fertilité des sols.
Réduire l’écartement du maïs permet de réduire la pression des herbes mais un couvert associé au semis est plus performant.
Des problèmes techniques résultent souvent d’une mauvaise implantation de la culture (mauvais contact entre le sol et la graine), c’est pourquoi le SDCV ouvre de nombreux champs de recherche encore peu exploités. Des recherches à l’échelle du système sont encore nécessaires afin de diminuer l’utilisation d’herbicides voire de s’en passer et de d’optimiser les associations couverts/cultures au sein d’une rotation.